بعد إقالته من منصبه كوزير للداخلية تم تعيين اللواء محمد إبراهيم نائباً لرئيس الوزراء للشئون الأمنية مما يثير الشكوك حول ما تردد عن محاسبته أو التحقيق معه في عدة أحداث تورطت فيها وزارة الداخلية فى الفترة الأخيرة والتي أثارت الغضب في أوساط العديد من القوى السياسية والشبابية منها وفاة الناشطة شيماء الصباغ ووفاة أكثر من ثلاثين شاباً من مشجعي الزمالك أمام استاد الدفاع الجوى .
وكان الرئيس عبد الفتاح السيسى قد أقال اللواء محمد إبراهيم ظهر اليوم بعد مدة سنتين تقريباً قضاها كوزير للداخلية فقد تم تعيينه في يناير 2013 من قبل رئيس الوزراء أيامها هشام قنديل.
وقد تم تعيين اللواء مجدى عبد الغفار خلفاً لمحمد إبراهيم كوزير جديد للداخلية ضمن ثمان وزارات تم تغيير ها في التعديل الوزاري الأخير وقد شغل مجدى عبد الغفار منصب رئيس جهاز الأمن الوطني السابق .
للاسف مصر محتاجه تطوير شامل في منظومة الامن ولا يتحملها شخص بمفرده … اعتقد ان اللواء محمد ابراهيم قام بكل ما فى وسعه ونحن نحتسب ذلك لاننا لا نعلم النوايا … لكن الرجل كان يعمل وطور منظومة الامن الفترة الاخيرة … لكن الحرب ليست هينة والمواضيع هائلة والملفات لا حصر لها احنا محتاجين وزارتين داحليه … شكرا سيادة الوزير الاسبق …. اهلا سيادة الوزير الحالي … نتمنى لكم التوفيق في مهمتكم الصعبة … ان شاء الله سننتصر على هذا الارهاب الغاشم … وقرار رئاسي حكيم بتعيين اللواء محمد ابراهيم مستشارا امنى لمجلس الوزراء … لان الرجل لايستحق ان ننركه للمتربصين به …. ربنا يحفظه ويحفظ جنودنا ويحفظ ارضنا ارض مصر الغالية وشعبها …
فعلا محمد ابراهيم اعاد الامن في البلاد و قضي علي البلطجة و عمليات السطو المسلح و الخطف و سرقة السيارات و انتشار المخدرات . بالاضافة الي السيطرة علي المخربين في جميع المنشئات العامة و الخاصة و الجامعات , و جامعة الأزهر خير مثال اعاد فيها الامن و السيطرة علي المخربين . فانه يستحق التحية و الشكر و التقديرعلي المجهود العظيم الذي قدمه للوطن في اصعب ظروف امنية مرت بها البلاد.اما بالنسبة للمفرقعات التي تحدث فانها تمثل اقل من 1 % من القنابل التي يتم زرعها و الشرطة تكشف 99% منها و هذا معدل أداء ممتاز نشكر عليه رجال الداخلية .
السيد اللواء محمد إبراهيم : مصر لن تنسى لك 30 يونيو ولن تنسى لك مجهودك الخارق فى إعادة الأمن للشارع المصرى فكل منصف يجب أن يقارن بين الحالة الأمنيه فى يوليو 2013 والحالة الأمنية الآن . أما الكلام عن أحداث تحدث فنحن فى حالة حرب مع أعتى أنظمة إرهاب فى العالم مدعومه بمليارات ودعم أجهزة مخابرات ودول تبغى تقسيم مصر أما تجديد الدم بوزير داخلية من قطاع الأمن الوطنى فهذا قرار حكيم حيث أن هذه المرحلة تحتاج إلى الأكثر تخصصا فى محاربة الإرهاب ولا شك أن رئيس قطاع الأمن الوطنى يكون رجل المرحله . ومن ذا الذى يريد أن يحاسب محمد إبراهيم ؟؟ أيحاسبه على إنتهاء ظاهرة سرقة السيارات ؟؟ أيحاسبه على كميات المخدرات الكثيرة المضبوطه ؟ أيحاسبه على أننا يمكننا السير فى الشوارع أمنين أى وقت ليلا ونهارا ؟؟ إتقوا الله فى الرجل وفى الوطن